前作主角?圆堂守所率领的日本代表队“闪电日本队”在FFI（Football Frontier International）世界大赛获得优胜的10年后，一位最喜欢足球的少年?松风天马因为憧憬圆堂等人的闪电十一人，于是进入雷门中学而加入雷门足球队。 不过那时受到社会高度评价而且人材辈 出的足球队却已经消失而让足球完全腐败了。不知为何，全国足球被叫作“第五部门”的组织所控制，如果不依照他们的指示踢球就不能比赛。而“第五部门”的种子选手?剑城京介只以一人之力就将整个雷门足球队打得遍体鳞伤