艾力克兄弟各自在两个不同世界生活，想尽办法期望能再次相见。取回肉身但失了忆的艾尔，跟师傅泉重新修练鍊金术，为找寻哥哥继续踏上征途。爱德华则穿过「门」来到公元1923年的德国慕尼黑，当时一场世界大战正酝酿爆发。在这现实世界，爱德华无法用自己擅长的鍊金术，只好借助貌似弟弟的年青人亚尔凡斯之力，尝试用火箭工学的力量重返故?，可惜总是找不到头绪。德国在一次世界大战中战败，慕尼黑通货膨胀问题严重，民怨沸腾，人们都暗地里寻找理想国「森巴拉」。由卡尔．侯士荷化率领的图利协会就是一个寻找森巴拉的组织，希望结合自然科学，开啟通向森巴拉的路，缔造一个排外的单一民族国家。爱德华及后遇到一个叫麻布兹的男子，这名男子正在追寻一条「传奇龙」。爱德华跟麻布兹到一座奇怪古城，终於遇到这条龙，谁知原来牠是无法变回真身的人造人安比。两强相遇，展开连番激战。另一方面，秘密组织图利协会利用安比和爱德华所画的鍊成阵，成功打开了连结鍊金术世界和现实世界的「门」。两个世界意外地连结在一起，令鍊金术世界陷入绝大危机。两兄弟相见的宿愿，跟前所未有的世界危机交织在一起，艾力克兄弟怎样面对这个全新的局面？