铁胆火车侠与黑暗军团两军离开数年后。由于黑暗军团再没有入侵地球的事被判明，JHR基地面临着被封闭的命运。不过现在，黑暗军团又再度袭来。他们的目的是为了带给人类不幸，并利用人类小学生圣桥健太来协助他们做坏事。期间健太误入了500系新干线所行使的铁轨上而快要被火车撞到。就在这时，光能量从宇宙飞来并与50 0系新干线合体，电光快车侠Lightning West变形！铁胆火车侠与黑暗军团的战斗又再度展开了。