2006年夏天，5年级的尾崎龙平发现父亲而时遗留下的《大东京地下探险记》的笔记本。于是龙平与他的好朋友俊和义雄结成了新的探险队，带上暑假不请自来的表弟一行4人按照地图的表器开始了探询秘宝的旅程。而神秘的地下世界有着让人意想不到的奇异景象，旧日本陆军的伍长山下草次郎、和蔼地下居民又吉，日本之宝……对于 性格开朗却很怕麻烦的龙平这一切似乎来得太快。