本次的故事设定发生在“血色星期一”病毒战结束两年后。一辆搭载有核弹的飞机逼近东京，试图引爆核弹毁灭东京。而三浦春马扮演的天才黑客藤丸将再次挺身而出，与恶势力作斗争。另外，扮演与他一起奋战的同学九条音弥的则是因《ROOKIES》和要出演大河剧而聚集了大众视线的佐藤健。第二季也将继续以年轻人们为中心，并 增加一些实力派演员给本作添彩。由于出场人物的增加，相互之间的关系变得越发复杂起来。究竟谁是敌人？谁是背叛者？谁才是真正的自己人！？就让我们在《血色星期一2》中一见分晓吧。